イシスのキャラクターストーリーは全1話である。イシスは、見守るだけで何もしない神のあり方を否定し、祈りに応える神であろうとする。主人公やヤマトタケルと旅をしながら人を救おうとするが、その魔法は救うたびに大きな災害も生む 。
沈黙しない神の厄災
イシスは、神が黙って弱い者を見守ることを祝福とする考えを、まやかしだと切り捨てる。人を大切に思うなら救えばよく、自分にはそのための魔法と、人間の業をすべて受け入れる度量があるからこそ神なのだと語る。アビス討伐の旅の途中、主人公とヤマトタケルは隕石の跡とされる大穴を目にする。イシスは、この穴は自分が空けたものだと打ち明ける。月から遠視魔術でアビスに襲われる人を見て、助けようと魔法で隕石を落としたのだという。大昔は海だったという砂丘や、山頂が吹き飛んだ山も、イシスの魔法の跡だと分かる。人助けのつもりで災害ばかり起こしてきたことを嘆いたイシスは、今後は魔法を使わずに人を救うと決める 。
ところが、アビスに襲われた人の悲鳴を聞くと、イシスは詠唱を省いてすぐに大魔法を放ち、森を一瞬で湖に変えてしまう。カッとなってついやってしまったと言い、地表を抉ったせいで地下水が噴き出したのだと説明する。助けられた人は、その湖をイシスの言葉どおりの名で呼び、恩を末代まで伝えると約束する。イシスは、人の歴史とは自分の悪名の積み重ねなのかもしれないと考える。それでも相手に怪我がなかったことを喜び、困ったときは神に祈るよう告げて、沈黙しない神が必ず救うと語る。これを聞いたクレオパトラは、ありがた迷惑だと言い返し、加減を知らないイシスをとがめる。イシスにちんちくりんと言われたクレオパトラが自分の体つきを誇って言い返し、口論になる。やがてイシスは、これからはクルセイダーズとして人々のために戦うと告げ、この国とクレオパトラに別れを言う。月凪を無理に起こそうとして国を海に沈めかけたことなど数々の騒動に触れつつ、いつか笑って話せる日が来ればいいと口にする 。
イシスは次にジョカに協力を持ちかけるが、ジョカはややこしいことになると言って断る。イシスが霊山に魔法を放ったことくらいしか迷惑はかけていないと言うと、ジョカはトハラスが地図から消えると怯える。イシスは、月の神々は何もしなさすぎると考えるジョカなら賛同するはずだと迫り、最後には月での序列をほのめかす。するとジョカは態度を一変させて従い、ヤマトタケルは神の世界の上下関係の厳しさに感心する。そこへ呂布が、アビスが大量に湧いたと知らせに来る。イシスはためらわず魔法を放とうとし、ジョカは大都が滅びると止めて、自分が溜めてきた力で対処しようとする。しかしイシスは、ジョカの力でも大都は一度大損害を受けたと指摘する。呂布に急かされたイシスは、アビスが出れば多くの命が失われるのだから神に混乱している暇も沈黙している暇もないと言い、人々を守るために出陣する。ヤマトタケルは、少しは手加減してほしいと願う 。