ニャルラトフィスのキャラクターストーリーは全2話である。どちらの話でも、ニャルラトフィスは主人公と二人きりで過ごそうとするが、同位体のニャルラトホテプに気づかれて引き上げる。1話目は主人公と親しくなるための接近と服選び、2話目は結婚式に備えた花嫁修業を描く。
次元の狭間と服選び
ニャルラトフィスは、自分の目的のために主人公を次元の狭間へ連れて来る。目的は主人公を知ることだという。主人公は人間でありながら神に逆らう珍しい存在で、混沌を引き寄せる特異点でもあるため、自分にとって都合がよく、良好な関係を築きたいと語る。そこへニャルラトホテプが現れ、主人公は自分にとって大切な存在だとして手出しを許さない姿勢を示す。ニャルラトフィスは、力を封じられた相手に負けるとは思えないとあざけりつつも、無駄な危険は避けると言ってその場を去る。
主人公が宿の部屋で目を覚ますと、ニャルラトフィスがベッドにいる。主人公が起きる前から部屋に来ていて、次元の狭間から一緒に戻ったのだと説明する。同位体を甘く見ていたと認めたニャルラトフィスは、誰でも近づける宿を出ることを提案する。二人で歩きながら、ニャルラトフィスは混沌が自分にとって人間の食事のようなエネルギーだと話す。また、自覚を持つと性質が変わるおそれがあるので、主人公はそのままでいるのがよいと言う。
主人公はニャルラトフィスに服を着るよう勧める。これに対しニャルラトフィスは、許しのない普通の人間には自分の姿が見えないこと、今の姿は本来のものではなく、この世界の者に好まれるよう作った人間体であることを説明する。それでも主人公は服を見に行こうと誘い、店で服を選び始める。周りからは何もない空間に服を当てて独り言を言っているように見える、と指摘されても、主人公は服選びをやめない。ニャルラトフィスはそんな主人公を想定以上に面白い存在だと評し、試着室へ移ることを提案して先に向かう。
無人の町での花嫁修業
主人公が目を覚ますと、そこは泊まっていた宿ではない。ニャルラトフィスが見つけた無人の町で、自分の力で一時的に使えるよう作り直した場所だという。二人は結婚式を最後まで挙げられなかったため、ニャルラトフィスは次の機会に向けて花嫁修業に挑み、主人公に相手を頼む。最初の修業は料理である。ニャルラトフィスの作る朝食は見た目が言い表しがたいものだったが、味はよい。体の一部を混ぜるという言い伝えを話題にした後、それは冗談で、本当の隠し味は愛情だと明かす。
次は裁縫の修業である。主人公の服のほつれを直すため、ニャルラトフィスは主人公を恋人向けの宿へ連れて行き、主人公はうろたえる。縫い上げた後、ニャルラトフィスは主人公に風呂を勧める。ところが入浴中に壁が透け、ニャルラトフィスは夫婦なら問題ないと言って主人公を見続ける。さらに洗濯の修業と称して主人公の下着を手にし、主人公が自分で洗うと言うと、家事を分担する考えだと受け取って感心する。
修業をするほど早く結婚したくなったニャルラトフィスは、結婚式の予定を立てようとする。そのとき、同位体がこの場所に気づいたことを察知する。ニャルラトホテプが来れば混沌が生まれるかもしれないが、今は主人公と二人きりで過ごせたことに満足しており、この気分を壊したくないとして引き上げを決める。去る前に、結婚式でもらった指輪のお返しとして、黒い多面結晶体を害のないよう加工した指輪を主人公に渡す。婚約や結婚の意味は無いとしつつ、いつか結婚する時まで大事にしてほしいと伝える。