バフォメットのキャラクターストーリーは2話ある。1話目では、バレンタインに主人公へ贈るチョコレートについて仲間に意見を聞いて回り、2話目では、かつて敵対していたアモンと主人公とともにアビスの討伐に向かう。
究極のチョコレート探し
街がバレンタインでにぎわっているのを見て、バフォメットは世話になっている隊長の主人公に、人間の習わしに沿って感謝を示そうと考える。自分を「我ら」と呼ぶバフォメットたちは話し合い、半端な物は自分たちの矜持に反するとして「究極のチョコレート」を贈ると決める。しかし何をもって究極とするかで結論が出ず、手分けして手がかりを探しに行く。
ヘルミィは、究極とは味であり、相手本人も知らなかった好みの味を手作りで作り上げることだと語る。バフォメットはカカオの栽培や品種改良から始めるべきかと考え込む。シルドラは、基準がはっきりしている金銭的な価値こそ究極だと言い、自分にも分けてもらう約束を取りつけようとする。ガブリエルは相手が喜ぶ渡し方が大切だと言い、性的な方向の冗談を口にする。バフォメットはこれを真に受けて考え始め、ガブリエルは冗談だと訂正しないまま成り行きを楽しみにする。
どの答えにも納得できないバフォメットは、通りかかった主人公本人に尋ねる。主人公は、どんなチョコレートでも、もらえたこと自体がうれしいと答える。その笑顔を見たバフォメットは胸の高鳴りを覚え、この気持ちが答えだと気づく。バフォメットは主人公に礼を言い、この気持ちを込めたチョコレートを用意すると約束する。
アモンと並ぶ戦場
ほかの仲間が別の場所へ出ているため、主人公、バフォメット、アモンの3人だけでアビスの軍勢の討伐に向かう。アモンは、最近まで敵対していた相手を信頼しきれないと言い、バフォメットはそれを冗談めかして裏切りの宣言のように言い換え、アモンを振り回す。アモンは、別の世界の記憶によるとバフォメットは昔からそういう相手だったと語りつつ、その記憶も信用しきれないし、主人公とは一時的に手を組んでいただけだと言う。これに対し主人公は、アモンを信頼していたと答える。
バフォメットは、新たに得た記憶を信じて違和感なく受け入れていると話す。もともと複数の体でひとつの個体なので、見た目の違う自分の記憶が加わっても何も変わらないという。並行世界が実在する見込みが高まり、よい研究対象が得られたこと、そしてまたアモンと肩を並べられることを喜ぶ。
戦いでは、アモンが前に出て、バフォメットが後ろから支える。記憶のおかげで連携がうまくいき、討伐は予想よりずっと早く終わる。アモンは戦いやすかったと認めながらも、まだ完全に信用したわけではないと念を押す。バフォメットは、並行世界のアモンもよく同じことを言っていたと笑い、それは油断するなという気づかいだと言う。主人公とバフォメットがアモンをいい人だとほめると、アモンはからかうなとうろたえる。バフォメットは、また肩を並べられたことを改めて喜ぶ。