菅原道真のキャラクターストーリーは、「菅原道真」第1話と「菅原道真2」第1話の2本からなる。「菅原道真」第1話では、裏切りへの恐れから人を遠ざけようとする道真が、主人公たちの助けで人と触れ合う一歩を踏み出す。「菅原道真2」第1話では、海を訪れた道真が主人公と砂遊びをして過ごす。
握手の練習
主人公に召喚された道真は、名乗るとすぐに仲良くはできないと言って逃げ出す。追いついた主人公に近づかないよう求めた直後に雷が落ち、リトリーは道真が雷を操ることに驚く。道真によれば、信じていた人々に裏切られて遠い地へ飛ばされ、独りで梅の花を見ながら故郷を思っていたという。そのため、人と接しようとするとまた裏切られるのではと不安になり、雷を落としてしまうのだと語る。
裏切られて孤独になるくらいなら初めから孤独でいたいと言う道真に対し、ジャンヌは強がりに見えると指摘し、主人公も放っておけないと答える。主人公の発案で握手の練習が始まるが、リトリーは手を出したところで、ジャンヌは近づく前に雷に打たれ、道真はやはり独りで生きると言い出す。それでも主人公は、雷に撃たれるとしても見過ごせないと引き下がらない。
やがて道真は、本当は自分を変えたい、人を信じられるようになりたいと打ち明ける。もう一度人を信じると自分に言い聞かせながら手を伸ばし、主人公との握手を果たす。主人公に大切な仲間だと言われた道真は、その言葉を愛し合う相手という意味にまで受け取って喜ぶ。以後主人公を「主様」と呼ぶ許しを得て、身も心も主人公のものになったと告げる。
海辺の砂遊び
海で主人公に泳ごうと誘われた道真は、肌が弱く日焼けを避けたいと言って断り、自分に海は似合わないとこぼす。主人公はそれを否定し、水着がよく似合っていると伝える。道真はリトリーにもらった日焼け止めを思い出し、手の届かない背中に塗るのを主人公に手伝ってもらう。
泳げば日焼け止めが落ちてしまうため、二人は波打ち際で遊ぶ子供たちにならって砂遊びをする。主人公が城を作る一方、道真は四季の草花が咲く庭のある屋敷を作り、そこで主人公と二人きりで過ごす様子を思い浮かべる。思わず「愛の巣」と口にしかけて恥ずかしくなり、屋敷を壊そうとするが、それを見た男の子たちに止められ、作り方を教えてほしいとせがまれる。
屋敷から主人公の関心をそらす好機と考えた道真は、主人公とともに子供たちと大きな城を作って遊ぶ。日が傾いて子供たちが帰ると、二人は砂まみれになったことを笑い合いながら、海で砂を洗い落とす。道真は、海は眺めるだけでよいと思っていたが楽しい思い出ができたと礼を言い、これからも主人公との思い出を作りたいと語る。