ニャルラトホテプのキャラクターストーリーは全3話である。混沌を求めるニャルラトホテプが、混沌を引き寄せる存在とみなした主人公のそばに現れ、周りで起きる騒ぎを味わう。話が進むにつれて、彼女自身の混沌への感じ方が変わっていく様子も描かれる。
クリスマスの贈り物
クリスマスの街を歩く主人公、リトリー、ジャンヌ、ミカエルの前にニャルラトホテプが現れる。彼女は敵意が無いと告げ、主人公に会いに来たと語る。クリスマスはいい子に贈り物をする日だと聞いたので、自分に混沌を運んでくれる主人公に贈り物をすると言い、その贈り物は自分自身だと申し出て一行を慌てさせる。
ジャンヌは、クリスマスは混沌が生まれる日ではないと言い聞かせようとする。しかしその間にも、街では恋人に振られる男、独り身を嘆いて悪態をつくケーキ売りの女、雪合戦をするニケとヤマトタケル、落ち込む人々に酒を勧めるバッカスと騒ぎが重なる。ジャンヌは手本としてケーキを食べさせ合う恋人たちを指し示すが、ニャルラトホテプはこれをまねて主人公を触手で捕まえ、自分の触手を食べさせようとする。
ミカエルがニャルラトホテプに言い返そうとしたところへ雪玉が当たり、雪合戦はジャンヌやミカエルまで巻き込んで広がる。バッカスはそれを肴に酒を進め、ニャルラトホテプは主人公の周りにはやはり良い混沌が現れると喜ぶ。
夜の対話
配達に来た一行はアビスに襲われる。その後、迷子の女の子を村へ送ろうとすると、怖い顔の男に、恋人を装って子どもをさらう人さらいの一味と間違えられる。さらに主人公はミカエルの入浴をのぞいてしまい、ミカエルにこらしめられる。こうした騒ぎを、正体を見せない謎の人物が見ており、混沌がまた生まれたとつぶやく。
その夜、主人公の部屋にニャルラトホテプが現れる。主人公はとっさに剣を手に取るが、彼女は敵意は無く、話をしに来たと告げる。ニャルラトホテプによれば、混沌は人間にとっての食事と同じく自分が動くための力である。しかし封印のせいで自分では混沌を生み出せないため、ずっと見てきた主人公こそが混沌を引き寄せる中心だと見定めたという。彼女は、力を取り戻すまでは主人公が引き寄せる混沌を受け取るだけでよいので、主人公はそのままでいいと語る。
そこへ、ミカエルがアビスとも悪魔とも違う気配を感じたとして、ジャンヌやリトリーと駆けつける。部屋に残っていたのは床の剣と主人公の肩についた長い髪の毛だけで、ミカエルは主人公が女性を連れ込んだと疑い、再び罰を与えようとする。ニャルラトホテプはその様子を見て、主人公こそ混沌を引き寄せる存在だと喜ぶ。
パーティーの小さな混沌
パーティー会場で、ニャルラトホテプは混沌を求めて主人公の後をついて回る。会場ではバッカスやケツァルコアトルが酒に酔い、ココペリとジャンヌが料理の大食いを繰り広げ、リトリーがそれを実況する横でフルフルは満腹になっている。ベートーヴェンのピアノに乗せてクレオパトラ、アヌビス、ツタンカーメンがライブで場を盛り上げ、エルスは写し絵を撮り、ヘルミィは給仕に忙しく動き回る。
主人公は、みんなが楽しそうなこういう混沌なら良いと話す。ニャルラトホテプは混沌を生んでいる人々の笑顔に初めて目を向け、物足りないはずのこの小さな混沌になぜか心が満たされていることに戸惑う。そして今日はこの混沌でいいと決め、穏やかな気持ちにさせる混沌があることを初めて知る。
やがて彼女は別の混沌の気配に気づく。天使兵を率いる部隊の長が、パーティーで気が緩んだところを襲おうとしていたのである。ニャルラトホテプはすでに斥候を片付けており、自分と組めば大きな混沌が生まれると持ちかけられても、今日はそういう混沌の気分ではないと断って部隊を始末する。主人公のもとへ戻ると、混沌のつまみ食いをしてきたと言って詳細は明かさず、パーティーにも人間にも迷惑はかけていないと告げる。主人公に勧めの飲み物を頼んだ彼女は、たまにはこういう混沌も悪くないと会場の空気に浸る。