沖田総司のキャラクターストーリーは全4話からなる。病弱を自称する総司が、主人公や仲間たちとアビスとの戦い、夜の体力作り、初日の出を見るための山登り、風邪の療養を過ごす。第1〜3話では仲間と共にいたいという総司の思いが語られ、第4話では主人公への想いがうっかり口をついて出かける。
病を装う剣士
主人公の部隊がアビスと戦っており、主人公が斬り込んでいく間、沖田総司はミカエルと共に待機している。主人公が討ち漏らした敵が来ると、総司は持病の発作だと言って咳き込み、ミカエルが一人で敵を片付ける。リトリーやミカエルから後方に下がるよう勧められると、総司は役に立てなくても仲間と一緒にいたいと答える。仲間が知らないところで死に、自分だけ置いていかれるのはもう嫌だと語る。
自分にできる役目がほしいと頼みながら、総司は背後に迫ったアビスを話の途中であっさり倒してしまう。ミカエルとリトリーは本当は元気なのではないかと疑い、総司は咳き込んで病人だと言い張る。主人公は総司を信じて医者に診せようと言うが、総司は慌てて、今の医学では治らない病だとか急に体調が良くなってきたなどと言って断る。さらにもう一体の敵も倒し、総司はまぐれだと主張して、頭から爪先までか弱いのだと咳き込んでみせる。
夜道の体力作り
総司は重りを持って、毎晩一人で夜道を走っている。鈍器のような物を持って夜に走る者がいるという噂を聞いた土方歳三、リトリー、主人公が待ち伏せし、その正体が総司だと知る。土方は、一緒にアイスクリームを食べた後で共に痩せようと誓ったのに抜け駆けするのかと問い詰める。総司は、ダイエットのためではないと答える。
総司によれば、自分の体を信じきれず、今どれだけ体力があるのかを確かめたかったのだという。誰かと一緒では迷惑や心配をかけると思い一人で走っていたが、寂しく、一人で床に伏せていた頃を思い出してしまうとも打ち明ける。主人公と土方はそれから毎日一緒に走るようになり、リトリーは飛びながら応援する。途中で近藤勇がアイスクリームを差し入れに来て、一同は溶ける前にと言って食べる。
長い距離を走っても、総司はもう咳き込まなくなっている。総司は、昔のような病の体ではないという自信がついたと感じる。転生する前は仲間の背中を見送るしかなかったが、今は並んで走れることが嬉しいと語り、皆に礼を言う。
初日の出への願掛け
正月の準備のさなか、主人公は総司から聞いた故郷の風習、初日の出に願を掛けることに興味を持つ。主人公はミカエル、リトリー、総司を誘い、朝日が美しく見えるという近くの山に登る。総司は急な坂で息を切らせて休憩を取るが、引き返すようリトリーに勧められても登り続けると言う。主人公に大事な仲間と言われたので、仲間とずっと一緒にいられるよう願を掛けたいのだと総司は語る。
頂上の近くでアビスの群れが現れる。総司は体力を使い果たしたと言ってリトリーと残り、主人公とミカエルが戦う。しかし敵が総司たちの方へ向かうと、総司は一瞬でそれを倒し、最後には大半の敵を一人で片付けてしまう。ミカエルたちに疑われると、主人公は総司が無理を押して戦ってくれたのだとかばう。
夜が明けて初日の出が昇り、一同はそれぞれ願い事をする。リトリーは美味しい物をたくさん食べること、主人公は今年も皆と過ごせることを願い、ミカエルは言えば叶わないからと秘密にする。総司は、病弱な体はそう簡単には治らないので別のことを願ったと言い、仲間と共に生きることを願ったと明かす。仲間と過ごす時間が自分にとって最も大切なのだと語る。
白無垢と折り鶴
いつもなら体調が悪くても訓練をする総司が、珍しく本当に風邪をひいて寝込む。見舞いに来た主人公に、総司は熱の原因を明かす。白無垢を着たり脱いで眺めたりを繰り返すうちに、そのまま寝てしまったのだという。結婚には縁がないと思っていたので、嬉しくてはしゃいでしまったと語る。退屈しのぎに折り紙をしていた総司は、故郷の鳥である鶴の折り方を主人公に教え、主人公も折り鶴を完成させる。
総司によれば、本物の鶴は足が長く、健康長寿や夫婦円満の縁起物とされる。それを聞いた主人公は、総司が早く元気になるようにと、自分が初めて折った鶴を贈る。総司は自分の鶴と一緒に飾ると約束する。続いて総司は故郷の神前式を説明し、夫婦となる二人がどんな夫婦になりたいかを自分たちの言葉で誓うのだと話す。
自分なら何を誓うかと主人公に尋ねられ、総司は仲間に祝福されながら主人公と末永く、と言いかけて、慌てて咳でごまかす。主人公が長居を詫びて帰ろうとすると、総司は名残を惜しみ、水を取ってきてほしいと頼む。一人になった総司は、本音が出てしまったのは風邪でぼんやりしているせいだろうかとつぶやく。