レオナルド・ダ・ヴィンチのキャラクターストーリーは全4話である。どの話でもダ・ヴィンチは自作の発明品を持ち出し、主人公や仲間のレジェンドたちを巻き込んで騒ぎを起こす。描かれるのは、ひな人形の改造、ハロウィンの大会への挑戦、主人公の軍に加わるいきさつ、舞踏会での一夜である。
ひな人形のお手伝い人形
城に飾ったひな人形が夜中に一人で歩き回る、という噂が流れる。ナイチンゲールも見たと言っており、主人公と藤堂高虎は張り込みをする。歩く人形を追っていくと、行き着いた先はダ・ヴィンチの部屋だった。ダ・ヴィンチはひな人形をこっそり改造し、遠隔操作もできる自律式のお手伝い人形「かゆいところに手が届くちゃん」を作っていたのである。高虎はこれを見て、狭い場所に入り込む斥候に使えると評価する。ダ・ヴィンチは仲間の感想を聞くため、人形を実際の現場で試すことにする。
人形はキキーモラが家具の隙間に落としたペンを拾い、ナイチンゲールの訪問診療では入院中の子供たちを喜ばせながら薬を運ぶ。葛飾北斎は、人形が働く様子を見て絵の題材になると言う。祭りが終わりに近づくと、ミカエルがひな飾りが1体足りないことに気づき、返すよう求める。ミカエルは、この人形だけ働かせ続ければ傷だらけになると説く。高虎は新しく作ればよいと言うが、ダ・ヴィンチは改良版の2号・3号はもうあるものの、この1号には代わりのきかない「アート」が宿っていると答えて渋る。
それでも、ひな飾りを出したままにすると婚期が遅れるという言い伝えを高虎から聞くと、ダ・ヴィンチは片付けることに同意する。心の中では、主人公の妻になるという目標が遠のくことを気にしていた。片付ける前に、ダ・ヴィンチは「思い出写し取るくん」をタイマーにして、主人公と人形と一緒に写し絵を撮る。これは来年また人形と会うという約束の証であり、その先もずっと主人公と一緒にいたいとダ・ヴィンチは伝える。
トリックオアトリート王決定戦
ハロウィンに、お菓子をもらった数を競う大会「トリックオアトリート王決定戦」が開かれる。ダ・ヴィンチは優勝賞金を狙って出場し、主人公を連れてお菓子を集めて回る。最初に声をかけたマリー・アントワネットは、徳を積むために甘いものを我慢している最中だった。マリーは、お菓子が欲しいのは自分の方だと叫び、ダ・ヴィンチが差し出したケーキも徳が減ると言って受け取らない。次に会ったオーディンはお菓子を持っておらず、悪戯の方をしきりに求める。
お菓子をくれないなら悪戯するまでだとして、ダ・ヴィンチは発明品に頼る。路地裏にいたマリーには、狙った顔に正確にパイを投げつける「どこからでもパイ投げくん」を仕掛ける。オーディンには「ひたすらしばきまくるくん」を使うが、オーディンはかえって喜んでしまい、お菓子は手に入らない。
大会の終盤、司会のリトリーはケット・シーがわずかにリードしていると伝える。そこへマリーが、借りを返すためと言ってダ・ヴィンチのケーキを持ってくる。マリーは、パイのおかげで久しぶりに甘いものを味わえたとも話す。ダ・ヴィンチは礼を言いつつ、数を稼げる飴などの方がよかったと漏らす。オーディンも駆けつけるが、発明品の礼を言いに来ただけでお菓子は持っていない。優勝はケット・シーとなる。それでもダ・ヴィンチはハロウィンを楽しんだと語る。最後は、ケーキを切り分けようとしたマリーに、照準を合わせたままだったパイ投げくんがまたパイを当てる。
天才アーティストの売り込み
フォートレスで主人公とリトリーが書類仕事をしていると、謎の人物が城主に会いたいと訪ねてくる。その人物はリトリーの羽根に見とれて解剖させてほしいと言い出し、リトリーに断られる。ジャンヌ・ダルクに名を尋ねられると、レジェンドで天才アーティストのレオナルド・ダ・ヴィンチだと名乗り、自分のパトロンになってほしいと申し出る。ダ・ヴィンチによれば、アートとは絵画・数学・発明をひっくるめた、自然の中に隠された美の探究である。
ダ・ヴィンチは持参した成果を順に披露する。最高傑作の絵画のレプリカは、ジャンヌに良さを分かってもらえない。続くゼンマイ式の掃除機「吸い取るくん」は、書類やミカエルの羽根、リトリーまで吸い込んでしまう。ゴミとそれ以外を見分ける仕組みはまだ開発中だという。最後の自律人形兵器「アビス倒すくん」は、内燃機関で動いてアビスを追いかける兵器だが、試し撃ちで城の壁に大穴を開ける。
ジャンヌがこの威力ならアビスに対抗できると認めると、ダ・ヴィンチは支援と引き換えに兵器を量産すると約束し、軍事顧問にしてほしいと求める。主人公は不安を感じつつも才能を認め、仲間に迎える。契約が成り立った直後、倒すくんがおかしな動きを始める。ダ・ヴィンチによれば、排熱の仕組みが足りておらず、動かして1分を過ぎると内圧が限界に達して爆発するのだという。
カボチャの魔導車と舞踏会
マリーは、町の城で今夜開かれる舞踏会の準備を手伝い、お礼に招待状を何枚かもらってくる。それをダ・ヴィンチ、主人公、リトリーに分ける。ダ・ヴィンチは自分のドレスが舞踏会に合うと喜ぶが、ドレスだけでは物足りず、もっと「アート」な舞踏会にしたいと考える。そこで夜に酒場の前へ集まるよう二人に告げ、準備に取りかかる。
ダ・ヴィンチが用意したのは、「びゅんびゅん走るくん」をカボチャ型にした魔導車「びゅんびゅん走るカボチャくん」だった。ダ・ヴィンチの運転で、主人公とリトリーを乗せた車はものすごい速さで町を走り抜け、ドリフトで通行人を驚かせる。ぶつかったら危ないとリトリーが心配すると、ダ・ヴィンチはボタンを押して車を空に飛ばし、会場のテラスに降りる。
会場では、ジャンヌ、ユノ、マリーが次々に主人公をダンスに誘い、主人公は順番に全員と踊る。ダ・ヴィンチは、ここまで主人公と一緒にいたのだから独り占めはよくないと考え、自分の番を待つ。一通り踊り終えた主人公が誘いに来ると、ダ・ヴィンチはお姫様になったようだと喜ぶ。日付が変わっても魔法は解けないと言い、もう少しだけ自分の王子様でいてほしいと頼む。主人公は、ダ・ヴィンチが満足するまで付き合うと応じる。
登場人物
- 主人公：ダ・ヴィンチから「隊長」と呼ばれ、どの話でも行動を共にし、第3話では彼女を仲間に迎える。
- 藤堂高虎：主人公と一緒に「歩くひな人形」の噂を確かめに行き、人形を片付けるようダ・ヴィンチを説得する。
- ミカエル：ひな人形の返却を求め、第3話では吸い取るくんに羽根を吸われる。
- マリー・アントワネット：徳を積むため甘いものを我慢しているところを、ダ・ヴィンチの悪戯に巻き込まれる。第4話では舞踏会の招待状を配る。
- オーディン：ハロウィンでお菓子の代わりに悪戯を求め、ダ・ヴィンチを困らせる。
- リトリー：トリックオアトリート王決定戦の司会を務める。第3話ではダ・ヴィンチと出会い、第4話ではカボチャの魔導車に同乗する。
- ジャンヌ・ダルク：ダ・ヴィンチの売り込みに立ち会い、兵器の威力を認める。舞踏会では主人公をダンスに誘う。
- ナイチンゲール：訪問診療にダ・ヴィンチのお手伝い人形を連れて行き、礼を述べる。